A Fundação Fenômenos é estruturada em três conselhos — o Conselho de Curadores, o Conselho Fiscal e o Conselho Executivo — além de contar com uma Direção Geral.

Todos atuando em prol da Fenômenos e seguindo nos princípios da legalidade, impessoalidade, publicidade, eficiência, transparência e da economicidade.